El San Martín era el buque insignia de la Armada Invencible e izaba la insignia de D. Alonso Pérez de Guzmán, Duque de Medina Sidonia. El San Martín formaba parte de la escuadra de galeones de Levante que, junto a las escuadras galeones de Guipúzcoa, Vizcaya, Castilla, Andalucía y las escuadras de jabeques y galeazas, eran el núcleo de la flota española de la época. A ella se unieron las galeras de la flota de Portugal en su aventura inglesa. Más de 130 barcos, 8000 marineros y 19.000 soldados partieron a la conquista de Inglaterra. Navegaban hacia Holanda para recoger a los Tercios de Flandes y castigar la constante piratería inglesa contra los barcos y las costas españolas. La Invencible penetró en el Canal de La Mancha en perfecta formación navegando hacia Flandes para recoger a los Tercios de Alejandro Farnesio. En varias ocasiones los ingleses, que en esa época tenía una flota de 193 barcos de guerra, intentaron interceptar a los españoles sin éxito a lo largo del Canal, especialmente durante el combate de Plymouth. Para entonces los ingleses habían disparado 100.000 balas de cañón sin hundir nada. Cuando la Armada Invencible fondeó en Gravelinas, los ingleses intentaron el ataque en toda regla con brulotes; ni uno dio en el blanco. A pesar del mito, el resultado de las acciones inglesas no fue nada halagüeño para los ingleses ya que no lograron hundir ningún barco. Sólo pudieron capturar 6 desarbolados por las tormentas, permaneciendo indemne el grueso de la flota española. Sin embargo se había producido un vuelco en la situación estratégica porque en Flandes los Tercios tenían que hacer frente a una nueva insurrección. Al no contar con tropas de tierra para la invasión, y haberse gastado casi toda la pólvora, el Duque de Medina Sidonia, ordenó regresar a España bordeando las costas de Escocia e Irlanda, en una peligrosa odisea que hizo naufragar varios barcos.

Como los galeones de la época su construcción se basaba en la fórmula 4:2:1. Es decir que la eslora debería ser cuatro veces la manga y ésta doble que la altura. El castillo de proa sólo tenía un puente y tenía dos garitas laterales en las que se situaban las letrinas de la tripulación. Para proteger a la tripulación del fuego de la fusilería enemiga, contaba con unos tablones laterales coloreados reforzados con cuerdas. El aparejo era el mismo que el de los grandes galeones. Como novedad presentaba una prolongación vertical de la barra de timón lo que permitía al timonel ver y controlar las velas. Hasta entonces el timonel estaba bajo el puente y gobernaba el barco por la brújula y las órdenes que le transmitían los oficiales. El Ark Royal izaba la insignia del Almirante Howard y participó en la lucha contra la Armada Invencible. El éxito de la marina inglesa no fue muy grande ya que este galeón, en unión del primer Victory atacó al galeón español Gran Grifón, de 650 toneladas, que se había distanciado del grueso español. El intercambio de cañonazos fue intenso pero el galeón español devolvió golpe por golpe y, al final, los dos barcos ingleses se batieron en retirada.

Los galeones holandeses eran, por lo general, más bajos que sus coetáneos españoles, ingleses y franceses. Sus alcázares y castillos eran de líneas más bajas para evitar que, en las maniobras bruscas, quedase afectada la estabilidad y maniobrabilidad de los galeones que, frecuentemente, tenían que combatir entre bajíos. El Eendracht participó el las confrontaciones con los ingleses. Durante la segunda guerra angloholandesa el barco saltó por los aires cuando combatía con el Royal Charles.